Spółka NWR KARBONIA została założona w 1999 pod nazwą KARBONIA PL Sp.z o.o
w miejscowości Kaczyce na Górnym Śląsku, tuż przy granicy z Czechami. Głównymi przedmiotami działalności spółki są: rozpoznanie złóż węgla i towarzyszących kopalin, kopalnictwo oraz sprzedaż minerałów i surowców, eksploatacja złóż metanu oraz wykonywanie opracowań techniczno-rozwojowych.
W 2000 r. spółka uzyskała koncesję na rozpoznanie i wydobycie metanu z pokładów węgla, a w 2001 r. koncesję na przesył oraz dystrybucję energii elektrycznej oraz koncesję na obrót energią elektryczną. W 2002 r. spółka kupiła działkę i budynki, należące do byłej kopalni „Morcinek” w Kaczycach, a po roku, 30 października 2003 r. uzyskała koncesję na rozpoznanie złóż węgla kamiennego na obszarze górniczym „Morcinek 1” .
Po 5 latach, w 2008 r. NWR KARBONIA uzyskała 2 licencje – na wydobycie węgla kamiennego oraz metanu ze złoża „Dębieńsko 1” oraz na poszukiwanie i rozpoznanie złóż węgla kamiennego oraz gazu ziemnego na obszarze górniczym „Zebrzydowice 1”. W tym samym roku otwarte zostało biuro spółki w Czerwionce-Leszczynach, miejscowości, w której działała Kopalnia Węgla Kamiennego „Dębieńsko”. Rok później spółka otworzyła biuro w Katowicach.
W 2010 r. zainicjowane zostały prace nad Szczegółowym Studium Wykonalności projektu Dębieńsko, ponieważ spółka planuje na lato 2011 r. rozpoczęcie prac przygotowawczych, dotyczące tego projektu. W lutym 2011 r. zmieniono też status prawny spółki – z Karbonia Sp.z o.o. na Karbonia S.A. Ne ten rok planowane są również zakupy gruntów i infrastruktury od Kompanii Węglowej S.A. i Spółki Restrukturyzacji Kopalń S.A.